Raziskovalec/ka z doktoratom – koordinator/ica projekta

7.10.2021
Nacionalni inštitut za biologijo
Ljubljana
m/ž
Povej naprej
Kompatibilnost
Kompatibilnost
Aktiviraj svoj karierni profil in si oglej kako se ujemaš z delovnim mestom
Nacionalni inštitut za biologijo
Spletna stran:

Raziskovalec na začetku kariere (m/ž)


Delovno mesto raziskovalca_ke z doktoratom – koordinatorja_ice projekta

Razpisujemo delovno mesto raziskovalca_ke (koordinatorja projekta) v dinamični in mednarodno vpeti raziskovalni skupini, ki s pomočjo najsodobnejših orodij molekularne biologije deluje na področju zaznavanja, sledenja in raziskav biologije, raznolikosti in evolucije virusov (od rastlinskih do humanih virusov, vključujoč SARS-CoV-2).

O inštitutu

Nacionalni Inštitut za biologijo (NIB) največji neodvisni javni raziskovalni inštitut za naravoslovne vede v Sloveniji. Osnovna dejavnost inštituta so temeljne, razvojne in aplikativne raziskave na področjih naravoslovja in biotehnologije, biomedicine, morske biologije, ekologije in kmetijstva. 

O oddelku

Na Oddelku za biotehnologijo in sistemsko biologijo (FITO) ustvarjamo vrhunsko znanje za celostno razumevanje bioloških procesov s poudarkom na interakcijah med patogenimi mikrobi in njihovimi gostitelji. To dosegamo z uporabo najmodernejše opreme, vključenosti v evropske infrastrukturne centre, vzpostavljenim sistemom kakovosti, in vključenostjo v številne evropske in druge mednarodne projekte. Oddelek je prepoznaven po svojem delu na področju sistemske biologije, bioinformatike in statistike, raziskavah virusov in bakterij, metroloških pristopih na področju ved o življenju, ter raziskavah gensko spremenjenih organizmov ter terapevtskih virusov. Rezultat prenosa najmodernejših raziskav v biotehnološke aplikacije je ustanovitev dveh visokotehnoloških odcepljenih podjetij v zadnjih desetih letih. 

O skupini

V enoti za mikrobiologijo raziskujemo raznolike teme, ki segajo od biologije, raznolikosti, evolucije, epidemiologije in diagnostike mikrobov, do razvoja in validacije orodij za njihovo zaznavanje. Raziskovalna in diagnostična vprašanja naslavljamo z uporabo najmodernejših metod, kot so kvantitativna in digitalna PCR, LAMP, krioelektronska mikroskopija, visokozmogljivo sekvenciranje in bioinformatika. Naše raziskave so usmerjene v patogene mikrobe na rastlinah pa tudi pri človeku in živalih, okoljsko virologijo in virusno ekologijo (raziskave virusov v okoljskih vzorcih, zlasti v vodah), razvoj nekemičnih načinov odstranjevanja virusov iz vodnih vzorcev in karakterizacijo terapevtskih virusov v sodelovanju z visokotehnološkimi podjetji. Smo del evropskega referenčnega laboratorija za viruse in fitoplazme na rastlinah. Nedavno smo vzpostavili tudi monitoring SARS-CoV-2 in njegovih skrb vzbujajočih različic v vzorcih odpadne vode.

Iščemo:

Iščemo raziskovalca_ko z doktoratom s področja biotehnologije, mikrobiologije, biologije ali drugih sorodnih naravoslovnih znanosti.  Zaželeno je poznavanje molekularno bioloških metod in/ali izkušnje s področja koordinacije nalog oz. organizacije dela, diagnostike in sistema kakovosti. 

Raziskovalec_ka bo vključen v sodelovalno raziskovalno okolje (skupina trenutno šteje okoli 15 zaposlenih), ki ga sestavljajo starejši raziskovalci_ke, laboratorijski sodelavci_ke, podoktorski raziskovalci_ke, doktorski študenti_ke in drugi. Glavna zadolžitev bo koordinacija, upravljanje nalog ter razvoj metod v okviru projekta s področja virologije. 

Druge zaželene profesionalne in osebnostne lastnosti: 

  • Sposobnost za delo v skupini v sodelovalnem okolju.
  • Organizacijske sposobnosti.
  • Natančnost in čut za zagotavljanje kakovosti dela.
  • Sposobnost reševanja problemov in kreativno ter proaktivno razmišljanje.
  • Dobro znanje angleščine in sposobnost sodelovanja z mednarodnimi partnerji.
  • Izkušnje v pisanju znanstvenih besedil v slovenščini in angleščini.
  • Želja po spoznavanju novih metod in pristopov analize.

Kaj nudimo?

  • Delo v dinamičnem, mladem in priznanem raziskovalnem kolektivu.
  • Sodelovanje z visoko usposobljenimi strokovnjaki, mednarodna sodelovanja.
  • Izobraževanje o delu v okviru sistema kakovosti.
  • Fleksibilen delovni čas z možnostjo občasnega dela od doma.
  • Učenje specifičnih laboratorijskih ali bioinformatskih tem.
  • Možnosti za znanstveni in karierni razvoj in učenje mehkih veščin (npr. vodenje, skupinsko delo, projektno delo, pogajanja, komunikacijske veščine).
  • Zaposlitev za določen čas z možnostjo dolgoročnega sodelovanja.

Začetek dela:

Takoj, ko je mogoče oziroma po dogovoru s kandidatom_ko.

Prijava:

Za dodatne informacije, prosim kontaktirajte dr. Denisa Kutnjaka (denis.kutnjak@nib.si). 

Prijave z motivacijskim pismom, življenjepisom ter priporočili pričakujemo do 28. 10. 2021 na naslov kadrovska.sluzba@nib.si.



Izbrane zadnje objave članov skupine:

Bačnik, K.; Kutnjak, D.; Pecman, A.; Mehle, N.; Tušek Žnidarič, M.; Gutiérrez Aguirre, I.; Ravnikar, M. Viromics and infectivity analysis reveal the release of infective plant viruses from wastewater into the environment. Water Res. 2020, 177, doi:10.1016/j.watres.2020.115628.

Filipić, A.; Gutierrez-Aguirre, I.; Primc, G.; Mozetič, M.; Dobnik, D. Cold Plasma, a New Hope in the Field of Virus Inactivation. Trends Biotechnol. 2020, 38, 1278–1291, doi:10.1016/j.tibtech.2020.04.003.

Kežar, A.; Kavčič, L.; Polák, M.; Nováček, J.; Gutiérrez-Aguirre, I.; Žnidarič, M.T.; Coll, A.; Stare, K.; Gruden, K.; Ravnikar, M.; et al. Structural basis for the multitasking nature of the potato virus Y coat protein. Sci. Adv. 2019, 5, eaaw3808, doi:10.1126/sciadv.aaw3808.

da Silva, W.; Kutnjak, D.; Xu, Y.; Xu, Y.; Giovannoni, J.; Elena, S.F.; Gray, S. Transmission modes affect the population structure of potato virus Y in potato. PLoS Pathog. 2020, 16, 1–23, doi:10.1371/journal.ppat.1008608.

Pecman, A.; Kutnjak, D.; Gutiérrez-Aguirre, I.; Adams, I.; Fox, A.; Boonham, N.; Ravnikar, M. Next generation sequencing for detection and discovery of plant viruses and viroids: Comparison of two approaches. Front. Microbiol. 2017, 8, 1–10, doi:10.3389/fmicb.2017.01998.

Kutnjak, D.; Elena, S.F.; Ravnikar, M. Time-Sampled Population Sequencing Reveals the Interplay of Selection and Genetic Drift in Experimental Evolution of Potato Virus Y. J. Virol. 2017, 91, e00690-17, doi:10.1128/JVI.00690-17.

Kosel, J.; Gutiérrez-Aguirre, I.; Rački, N.; Dreo, T.; Ravnikar, M.; Dular, M. Efficient inactivation of MS-2 virus in water by hydrodynamic cavitation. Water Res. 2017, 124, 465–471, doi:10.1016/j.watres.2017.07.077.

Izbrani raziskovalni projekti, v katerih sodeluje skupina:

EU MSCA ITN INEXTVIR: Innovative Network for Next Generation Training and Sequencing of Virome. Role: Coordinators. 2019-2023. We are coordinating a Marie Skłodowska-Curie innovative training network (ITN) network including 15 PhD students, hosted by 15 partners from 6 EU countries, working on the use of high-throughput sequencing for characterisation of the virome of most important crops in Europe. https://inextvir.eu/ 

EU H2020 VALITEST: Valitest - Validation of diagnostic tests to support plant health. Role. Partners and WP leaders. 2018-2021. In this project we are focusing on the development of methods for validation of diagnostics tests for plant pathogens, NIB leads the biggest work package and have organized large-scale test performance studies including laboratories from many different countries.  https://www.valitest.eu/ 

EU EFSA SMART-Surveillance: Smart monitoring of airborne plant pathogens: advances in aerobiology, and molecular diagnostics and remote sensing to support risk based plant health surveillance in the EU. Role: Coordinators. 2018-2022. Research on surveillance of plant pathogenic fungi, in which we are employing and comparing different molecular biology tools, such as qPCR and HTS.

SLO-USA bilateral project BI-US/19-21-016: Development of harmonised high-throughput sequencing approaches for detection of plant pathogens. 2019-2021. Collaboration between NIB and USDA on the topic of high-throughput sequencing for detection of plant viruses.

SLO ARRS L7-2632: Nanopore high-throughput sequencing for resolution of problems in plant pathogen epidemiology and diagnostics (NanoPhyto). Role: Coordinators. 2020-2023. A project funded by national research agency focused on employment of nanopore sequencing for solving different problems connected to plant health: from virus detection and viral strains discrimination in plants and environment, to sequencing of phytoplasmas' genomes.

SLO ARRS L4-9325: Development of new, environment-friendly approaches for plant and human virus inactivation in waters. Role: Coordinators. 2018-2021. A project funded by national research agency in which we develop new methods for non-chemical inactivation of viruses in water, such as hydrodynamic cavitation and cold atmospheric plasma and their combination; an innovative device for water inactivation of viruses in water was developed and patented in the frame of this project.

SLO ARRS P40407: Environmental and applied virology: viruses, friends and foes. Role: Coordinators. 2019-2024. A grant from national research agency dedicated to the research on environmental and applied virology, including, among other, the financing of the research on SARS-CoV-2 in wastewaters, viromes of different water samples and holistic methods for characterisation of therapeutic viruses.

Ne odlašaj!
Še 6 dni za prijavo.

Opis delovnega mesta

Delovno mesto raziskovalca_ke z doktoratom – koordinatorja_ice projekta

Razpisujemo delovno mesto raziskovalca_ke (koordinatorja projekta) v dinamični in mednarodno vpeti raziskovalni skupini, ki s pomočjo najsodobnejših orodij molekularne biologije deluje na področju zaznavanja, sledenja in raziskav biologije, raznolikosti in evolucije virusov (od rastlinskih do humanih virusov, vključujoč SARS-CoV-2).

O inštitutu
Nacionalni Inštitut za biologijo (NIB) največji neodvisni javni raziskovalni inštitut za naravoslovne vede v Sloveniji. Osnovna dejavnost inštituta so temeljne, razvojne in aplikativne raziskave na področjih naravoslovja in biotehnologije, biomedicine, morske biologije, ekologije in kmetijstva.

O oddelku
Na Oddelku za biotehnologijo in sistemsko biologijo (FITO) ustvarjamo vrhunsko znanje za celostno razumevanje bioloških procesov s poudarkom na interakcijah med patogenimi mikrobi in njihovimi gostitelji. To dosegamo z uporabo najmodernejše opreme, vključenosti v evropske infrastrukturne centre, vzpostavljenim sistemom kakovosti, in vključenostjo v številne evropske in druge mednarodne projekte. Oddelek je prepoznaven po svojem delu na področju sistemske biologije, bioinformatike in statistike, raziskavah virusov in bakterij, metroloških pristopih na področju ved o življenju, ter raziskavah gensko spremenjenih organizmov ter terapevtskih virusov. Rezultat prenosa najmodernejših raziskav v biotehnološke aplikacije je ustanovitev dveh visokotehnoloških odcepljenih podjetij v zadnjih desetih letih.

O skupini
V enoti za mikrobiologijo raziskujemo raznolike teme, ki segajo od biologije, raznolikosti, evolucije, epidemiologije in diagnostike mikrobov, do razvoja in validacije orodij za njihovo zaznavanje. Raziskovalna in diagnostična vprašanja naslavljamo z uporabo najmodernejših metod, kot so kvantitativna in digitalna PCR, LAMP, krioelektronska mikroskopija, visokozmogljivo sekvenciranje in bioinformatika. Naše raziskave so usmerjene v patogene mikrobe na rastlinah pa tudi pri človeku in živalih, okoljsko virologijo in virusno ekologijo (raziskave virusov v okoljskih vzorcih, zlasti v vodah), razvoj nekemičnih načinov odstranjevanja virusov iz vodnih vzorcev in karakterizacijo terapevtskih virusov v sodelovanju z visokotehnološkimi podjetji. Smo del evropskega referenčnega laboratorija za viruse in fitoplazme na rastlinah. Nedavno smo vzpostavili tudi monitoring SARS-CoV-2 in njegovih skrb vzbujajočih različic v vzorcih odpadne vode.

Iščemo:
Iščemo raziskovalca_ko z doktoratom s področja biotehnologije, mikrobiologije, biologije ali drugih sorodnih naravoslovnih znanosti. Zaželeno je poznavanje molekularno bioloških metod in/ali izkušnje s področja koordinacije nalog oz. organizacije dela, diagnostike in sistema kakovosti.
Raziskovalec_ka bo vključen v sodelovalno raziskovalno okolje (skupina trenutno šteje okoli 15 zaposlenih), ki ga sestavljajo starejši raziskovalci_ke, laboratorijski sodelavci_ke, podoktorski raziskovalci_ke, doktorski študenti_ke in drugi. Glavna zadolžitev bo koordinacija, upravljanje nalog ter razvoj metod v okviru projekta s področja virologije.

Kaj pričakujemo

Druge zaželene profesionalne in osebnostne lastnosti:
• Sposobnost za delo v skupini v sodelovalnem okolju.
• Organizacijske sposobnosti.
• Natančnost in čut za zagotavljanje kakovosti dela.
• Sposobnost reševanja problemov in kreativno ter proaktivno razmišljanje.
• Dobro znanje angleščine in sposobnost sodelovanja z mednarodnimi partnerji.
• Izkušnje v pisanju znanstvenih besedil v slovenščini in angleščini.
• Želja po spoznavanju novih metod in pristopov analize.

Kaj nudimo

Kaj nudimo?
• Delo v dinamičnem, mladem in priznanem raziskovalnem kolektivu.
• Sodelovanje z visoko usposobljenimi strokovnjaki, mednarodna sodelovanja.
• Izobraževanje o delu v okviru sistema kakovosti.
• Fleksibilen delovni čas z možnostjo občasnega dela od doma.
• Učenje specifičnih laboratorijskih ali bioinformatskih tem.
• Možnosti za znanstveni in karierni razvoj in učenje mehkih veščin (npr. vodenje, skupinsko delo, projektno delo, pogajanja, komunikacijske veščine).
• Zaposlitev za določen čas z možnostjo dolgoročnega sodelovanja. (???)

Začetek dela:
Takoj, ko je mogoče oziroma po dogovoru s kandidatom_ko.

Prijava:
Za dodatne informacije, prosim kontaktirajte dr. Denisa Kutnjaka (denis.kutnjak@nib.si).
Prijave z motivacijskim pismom, življenjepisom ter priporočili pričakujemo do 28. 10. 2021 na naslov kadrovska.sluzba@nib.si.

Izberi področje dela